バイオインフォマティクスを中心に理工学のソフトウェア開発とサービスをする会社です

バイオインフォマティクス

ニーズにあわせたオンデマンド解析

研究者との密なディスカッションを通し、生物学的な要件を理解した上で、プログラムの作成や解析作業を行います。案件の例をご紹介します。

一般的なフローに基づく次世代シーケンスデータの解析
Reseq(Exome/Whole genome sequence)、RNA-Seq、ChIP-Seqといった次世代シーケンスデータの解析を行いました。
下記に示す、オープンソースソフトウェアを用いた一般的な解析フローをベースとし、下流処理(アノテーションや作図など)はご要望を伺ってカスタマイズしました。論文リストはこちら。

  • Reseq: BWA -> Picard & GATK -> SnpEff
  • RNA-Seq: Tophat -> Cufflinks -> Cuffdiff -> アノテーション
  • ChIP-Seq: Bowtie -> MACS -> Cuffdiff -> ピークのアノテーション
エピゲノム解析
DNAメチル化情報解析パイプラインの開発をサポートし、DNAメチル化情報、ヒストン修飾情報、RNA発現情報の関連性を解析するプログラム作成に貢献しました。

Learning chromatin states with factorized information criteria.  Hamada M, Ono Y, Fujimaki R, Asai K. Bioinformatics. 2015 Aug 1;31(15):2426-2433.

シミュレーションデータ生成プログラムの開発
研究者様のご指導の下、第3世代シーケンサPacBioのシミュレーションデータを作成するプログラム PBSIM を開発いたしました。CCS、CLRともに生成可能です。
ソースコードを Google Code で公開(GNU GPL v2)しています。

PBSIM: PacBio reads simulator–toward accurate genome assembly. Ono Y, Asai K, Hamada M. Bioinformatics. 2013 Jan 1;29(1):119-21. doi: 10.1093/bioinformatics/bts649.

ncRNAの機能予測
RNA干渉による疾患治療薬実現のプロジェクトに貢献しました。
リード配列の参照配列への高速マッピング、クラスタリング、アノテーション、ゲノムブラウザでの表示などを担当しました。適切なプログラムが無い場合はスクラッチで開発し、統計的検証作業を同時に実行しました。論文リストはこちら。

A regulatory circuit for piwi by the large Maf gene traffic jam in Drosophila. Saito K, Inagaki S, Mituyama T, Kawamura Y, Ono Y, Sakota E, Kotani H, Asai K, Siomi H, Siomi MC. Nature, 2009 Oct 29, 461(7268):1296-9

Drosophila endogenous small RNAs bind to Argonaute 2 in somatic cells. Kawamura Y, Saito K, Kin T, Ono Y, Asai K, Sunohara T, Okada TN, Siomi MC, Siomi H. Nature, 2008 Jun 5, 453(7196):793-7.4

高度なITスキルに基づくシステム開発

国内研究機関の多数の生命科学データベース・Webサイトの開発・サポートを実施しています。
論文リストはこちら。

最先端のIT技術を把握した上で、要件に最適な技術を採用いたします。
開発に用いた技術の例をご紹介します。

  • Webアプリの設計・開発: Java、 PHP、 Ruby on Rails
  • グラフィカルなWeb表示: HTML5、 jQuery(UI)
  • セマンティックWeb開発:
    (1) 解析サービスサイト: SADI
    (2) RDF/RDFS関連開発: Sesame、OWLIM、Raptor、SPARQL
  • 公開計算サーバ上の並列分散処理: SOAP、 WebAPI (REST)
  • ユーザ定義型ワークフローによる多数の計算のパイプライン化: KNIME
  • DB高速化: Redis (キー・バリュー型のNoSQL実装)
  • 開発後の負荷テストの設計・実施やプロセス監視: God
  • 月間約 7,000 ページビューある R Graphical Manual ※ の公開による統計科学の普及に貢献

※ R Graphical Manual は、国立遺伝学研究所の小笠原 理先生のプロダクトです。

 

お気軽にお問い合わせください。 TEL 03-6907-0315 受付時間 9:30~18:00(土・日・祝日除く)

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