Last data update: 2014.03.03
R: Posterior Distribution with Gamma Density
posterior.gamma R Documentation
Posterior Distribution with Gamma Density
Description
MCMC runs of posterior distribution of data with Gamma(alpha,beta) density.
Usage
posterior.gamma(data, int)
Arguments
data
data vector
int
number of iteractions selected in MCMC. The program selects 1 in each 10 iteractions, then thin=10. The first thin*int/3 iteractions
is used as burn-in. After that, is runned thin*int iteraction, in which 1 of thin is selected for the final MCMC chain, resulting the number of int
iteractions.
Value
The program has as result a matrix with dimensions int x 2, where the first
represents points of posterior distribution of alpha parameter of Gamma,
and the second column is posterior distribution of beta parameter. The
non-informative prior distribution of these parameters are both
Gamma(0.0001,0.0001). During the MCMC runs, screen shows the proportion
of iteractions made.
Examples
# Obtaining posterior distribution of a vector of simulated points
x=rgamma(300,3,5)
# Obtaning 1000 points of posterior distribution
ajuste=posterior.gamma(x,1000)
# Histogram of posterior distribution of the parameters,with 95% credibility intervals
par(mfrow=c(1,2))
hist(ajuste[,1],freq=FALSE,main="alpha")
abline(v=quantile(ajuste[,1],0.025),lwd=2)
abline(v=quantile(ajuste[,1],0.975),lwd=2)
hist(ajuste[,2],freq=FALSE,main="beta")
# Vector of maxima return for each 10 days for ibovespa data
data(ibovespa)
ibmax=gev(ibovespa[,4],10)$data
ibovpost=posterior.gamma(ibmax,1000)
Results
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> library(MCMC4Extremes)
Loading required package: evir
> png(filename="/home/ddbj/snapshot/RGM3/R_CC/result/MCMC4Extremes/posterior.gamma.Rd_%03d_medium.png", width=480, height=480)
> ### Name: posterior.gamma
> ### Title: Posterior Distribution with Gamma Density
> ### Aliases: posterior.gamma
>
> ### ** Examples
>
> # Obtaining posterior distribution of a vector of simulated points
> x=rgamma(300,3,5)
> # Obtaning 1000 points of posterior distribution
> ajuste=posterior.gamma(x,1000)
[1] 0.006666667
[1] 0.01333333
[1] 0.02
[1] 0.02666667
[1] 0.03333333
[1] 0.04
[1] 0.04666667
[1] 0.05333333
[1] 0.06
[1] 0.06666667
[1] 0.07333333
[1] 0.08
[1] 0.08666667
[1] 0.09333333
[1] 0.1
[1] 0.1066667
[1] 0.1133333
[1] 0.12
[1] 0.1266667
[1] 0.1333333
[1] 0.14
[1] 0.1466667
[1] 0.1533333
[1] 0.16
[1] 0.1666667
[1] 0.1733333
[1] 0.18
[1] 0.1866667
[1] 0.1933333
[1] 0.2
[1] 0.2066667
[1] 0.2133333
[1] 0.22
[1] 0.2266667
[1] 0.2333333
[1] 0.24
[1] 0.2466667
[1] 0.2533333
[1] 0.26
[1] 0.2666667
[1] 0.2733333
[1] 0.28
[1] 0.2866667
[1] 0.2933333
[1] 0.3
[1] 0.3066667
[1] 0.3133333
[1] 0.32
[1] 0.3266667
[1] 0.3333333
[1] 0.34
[1] 0.3466667
[1] 0.3533333
[1] 0.36
[1] 0.3666667
[1] 0.3733333
[1] 0.38
[1] 0.3866667
[1] 0.3933333
[1] 0.4
[1] 0.4066667
[1] 0.4133333
[1] 0.42
[1] 0.4266667
[1] 0.4333333
[1] 0.44
[1] 0.4466667
[1] 0.4533333
[1] 0.46
[1] 0.4666667
[1] 0.4733333
[1] 0.48
[1] 0.4866667
[1] 0.4933333
[1] 0.5
[1] 0.5066667
[1] 0.5133333
[1] 0.52
[1] 0.5266667
[1] 0.5333333
[1] 0.54
[1] 0.5466667
[1] 0.5533333
[1] 0.56
[1] 0.5666667
[1] 0.5733333
[1] 0.58
[1] 0.5866667
[1] 0.5933333
[1] 0.6
[1] 0.6066667
[1] 0.6133333
[1] 0.62
[1] 0.6266667
[1] 0.6333333
[1] 0.64
[1] 0.6466667
[1] 0.6533333
[1] 0.66
[1] 0.6666667
[1] 0.6733333
[1] 0.68
[1] 0.6866667
[1] 0.6933333
[1] 0.7
[1] 0.7066667
[1] 0.7133333
[1] 0.72
[1] 0.7266667
[1] 0.7333333
[1] 0.74
[1] 0.7466667
[1] 0.7533333
[1] 0.76
[1] 0.7666667
[1] 0.7733333
[1] 0.78
[1] 0.7866667
[1] 0.7933333
[1] 0.8
[1] 0.8066667
[1] 0.8133333
[1] 0.82
[1] 0.8266667
[1] 0.8333333
[1] 0.84
[1] 0.8466667
[1] 0.8533333
[1] 0.86
[1] 0.8666667
[1] 0.8733333
[1] 0.88
[1] 0.8866667
[1] 0.8933333
[1] 0.9
[1] 0.9066667
[1] 0.9133333
[1] 0.92
[1] 0.9266667
[1] 0.9333333
[1] 0.94
[1] 0.9466667
[1] 0.9533333
[1] 0.96
[1] 0.9666667
[1] 0.9733333
[1] 0.98
[1] 0.9866667
[1] 0.9933333
[1] 1
> # Histogram of posterior distribution of the parameters,with 95% credibility intervals
> par(mfrow=c(1,2))
> hist(ajuste[,1],freq=FALSE,main="alpha")
> abline(v=quantile(ajuste[,1],0.025),lwd=2)
> abline(v=quantile(ajuste[,1],0.975),lwd=2)
> hist(ajuste[,2],freq=FALSE,main="beta")
> # Vector of maxima return for each 10 days for ibovespa data
> data(ibovespa)
> ibmax=gev(ibovespa[,4],10)$data
> ibovpost=posterior.gamma(ibmax,1000)
[1] 0.006666667
[1] 0.01333333
[1] 0.02
[1] 0.02666667
[1] 0.03333333
[1] 0.04
[1] 0.04666667
[1] 0.05333333
[1] 0.06
[1] 0.06666667
[1] 0.07333333
[1] 0.08
[1] 0.08666667
[1] 0.09333333
[1] 0.1
[1] 0.1066667
[1] 0.1133333
[1] 0.12
[1] 0.1266667
[1] 0.1333333
[1] 0.14
[1] 0.1466667
[1] 0.1533333
[1] 0.16
[1] 0.1666667
[1] 0.1733333
[1] 0.18
[1] 0.1866667
[1] 0.1933333
[1] 0.2
[1] 0.2066667
[1] 0.2133333
[1] 0.22
[1] 0.2266667
[1] 0.2333333
[1] 0.24
[1] 0.2466667
[1] 0.2533333
[1] 0.26
[1] 0.2666667
[1] 0.2733333
[1] 0.28
[1] 0.2866667
[1] 0.2933333
[1] 0.3
[1] 0.3066667
[1] 0.3133333
[1] 0.32
[1] 0.3266667
[1] 0.3333333
[1] 0.34
[1] 0.3466667
[1] 0.3533333
[1] 0.36
[1] 0.3666667
[1] 0.3733333
[1] 0.38
[1] 0.3866667
[1] 0.3933333
[1] 0.4
[1] 0.4066667
[1] 0.4133333
[1] 0.42
[1] 0.4266667
[1] 0.4333333
[1] 0.44
[1] 0.4466667
[1] 0.4533333
[1] 0.46
[1] 0.4666667
[1] 0.4733333
[1] 0.48
[1] 0.4866667
[1] 0.4933333
[1] 0.5
[1] 0.5066667
[1] 0.5133333
[1] 0.52
[1] 0.5266667
[1] 0.5333333
[1] 0.54
[1] 0.5466667
[1] 0.5533333
[1] 0.56
[1] 0.5666667
[1] 0.5733333
[1] 0.58
[1] 0.5866667
[1] 0.5933333
[1] 0.6
[1] 0.6066667
[1] 0.6133333
[1] 0.62
[1] 0.6266667
[1] 0.6333333
[1] 0.64
[1] 0.6466667
[1] 0.6533333
[1] 0.66
[1] 0.6666667
[1] 0.6733333
[1] 0.68
[1] 0.6866667
[1] 0.6933333
[1] 0.7
[1] 0.7066667
[1] 0.7133333
[1] 0.72
[1] 0.7266667
[1] 0.7333333
[1] 0.74
[1] 0.7466667
[1] 0.7533333
[1] 0.76
[1] 0.7666667
[1] 0.7733333
[1] 0.78
[1] 0.7866667
[1] 0.7933333
[1] 0.8
[1] 0.8066667
[1] 0.8133333
[1] 0.82
[1] 0.8266667
[1] 0.8333333
[1] 0.84
[1] 0.8466667
[1] 0.8533333
[1] 0.86
[1] 0.8666667
[1] 0.8733333
[1] 0.88
[1] 0.8866667
[1] 0.8933333
[1] 0.9
[1] 0.9066667
[1] 0.9133333
[1] 0.92
[1] 0.9266667
[1] 0.9333333
[1] 0.94
[1] 0.9466667
[1] 0.9533333
[1] 0.96
[1] 0.9666667
[1] 0.9733333
[1] 0.98
[1] 0.9866667
[1] 0.9933333
[1] 1
>
>
>
>
>
> dev.off()
null device
1
>