Last data update: 2014.03.03
R: Simulated prazosin Xpose database.
simpraz.xpdb R Documentation
Simulated prazosin Xpose database.
Description
Xpose database from the NONMEM output of a model for prasozin using
simulated data (and NONMEM 7.2).
Usage
data(simpraz.xpdb)
Format
The format is:
Formal class 'xpose.data' [package ".GlobalEnv"] with 8 slots
..@ Data :'data.frame': 640 obs. of 42 variables:
.. ..$ ID : num [1:640] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. ..$ TIME : num [1:640] 0 1 2 3 4 5 6 7 9 11 ...
.. ..$ IPRED : num [1:640] 0 69.2 80.2 75.3 66.9 ...
.. ..$ IWRES : num [1:640] 0 0.0368 -0.0944 0.1683 -0.206 ...
.. ..$ DV : num [1:640] 0 71.7 72.6 88 53.1 ...
.. ..$ PRED : num [1:640] 0 86.4 89 75.5 61 ...
.. ..$ RES : num [1:640] 0 -14.68 -16.4 12.54 -7.91 ...
.. ..$ WRES : num [1:640] 0 -0.105 -0.759 1.208 -1.539 ...
.. ..$ CL : num [1:640] 13.6 13.6 13.6 13.6 13.6 ...
.. ..$ V : num [1:640] 93.6 93.6 93.6 93.6 93.6 ...
.. ..$ KA : num [1:640] 1.22 1.22 1.22 1.22 1.22 ...
.. ..$ ETA1 : num [1:640] -0.268 -0.268 -0.268 -0.268 -0.268 ...
.. ..$ ETA2 : num [1:640] 0.198 0.198 0.198 0.198 0.198 ...
.. ..$ ETA3 : num [1:640] -0.164 -0.164 -0.164 -0.164 -0.164 ...
.. ..$ SEX : Factor w/ 2 levels "1","2": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
.. ..$ RACE : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
.. ..$ SMOK : Factor w/ 2 levels "0","1": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. ..$ HCTZ : Factor w/ 2 levels "0","1": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
.. ..$ PROP : Factor w/ 2 levels "0","1": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
.. ..$ CON : Factor w/ 2 levels "0","1": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
.. ..$ OCC : Factor w/ 1 level "0": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. ..$ AGE : num [1:640] 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 ...
.. ..$ HT : num [1:640] 154 154 154 154 154 154 154 154 154 154 ...
.. ..$ WT : num [1:640] 81 81 81 81 81 ...
.. ..$ SECR : num [1:640] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
.. ..$ NPRED : num [1:640] 0 86.4 89 75.5 61 ...
.. ..$ NRES : num [1:640] 0 -14.68 -16.4 12.54 -7.91 ...
.. ..$ NWRES : num [1:640] 0 -0.0997 -0.7782 1.2737 -1.6358 ...
.. ..$ PREDI : num [1:640] 0 86.4 89 75.5 61 ...
.. ..$ RESI : num [1:640] 0 -14.68 -16.4 12.54 -7.91 ...
.. ..$ WRESI : num [1:640] 0 -0.105 -0.759 1.208 -1.539 ...
.. ..$ CPRED : num [1:640] 0 85.8 91.3 79.3 65.3 ...
.. ..$ CRES : num [1:640] 0 -14.03 -18.67 8.73 -12.16 ...
.. ..$ CWRES : num [1:640] 0 -0.0646 -0.9411 1.1911 -1.5154 ...
.. ..$ CPREDI: num [1:640] 0 85.8 91.3 79.3 65.3 ...
.. ..$ CRESI : num [1:640] 0 -14.03 -18.67 8.73 -12.16 ...
.. ..$ CWRESI: num [1:640] 0 -0.101 -0.825 1.071 -1.504 ...
.. ..$ EPRED : num [1:640] 0 80.9 80.5 69.4 57.7 ...
.. ..$ ERES : num [1:640] 0 -9.14 -7.84 18.63 -4.57 ...
.. ..$ EWRES : num [1:640] 0 -0.162 -0.626 1.505 -1.485 ...
.. ..$ NPDE : num [1:640] 0 -0.00836 -0.54367 1.5548 -1.8339 ...
.. ..$ ECWRES: num [1:640] 0 -0.156 -0.65 1.457 -1.336 ...
..@ SData : NULL
..@ Data.firstonly :'data.frame': 64 obs. of 12 variables:
.. ..$ SUBJECT_NO: int [1:64] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
.. ..$ ID : int [1:64] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
.. ..$ ETA.1. : num [1:64] -0.2677 -0.7097 -0.4762 0.0996 -0.3529 ...
.. ..$ ETA.2. : num [1:64] 0.198 0.186 0.202 -0.429 0.098 ...
.. ..$ ETA.3. : num [1:64] -0.164 0.737 0.436 0.151 0.524 ...
.. ..$ ETC.1.1. : num [1:64] 0.00412 0.00646 0.00401 0.00321 0.00328 ...
.. ..$ ETC.2.1. : num [1:64] -0.002413 -0.002923 -0.001677 0.003449 -0.000594 ...
.. ..$ ETC.2.2. : num [1:64] 0.00971 0.00622 0.00661 0.00605 0.00691 ...
.. ..$ ETC.3.1. : num [1:64] -0.00947 -0.01828 -0.01274 -0.00658 -0.01295 ...
.. ..$ ETC.3.2. : num [1:64] 0.01757 0.00998 0.01247 0.00237 0.01117 ...
.. ..$ ETC.3.3. : num [1:64] 0.0821 0.3496 0.1956 0.0754 0.2295 ...
.. ..$ OBJ : num [1:64] 54.04 60.73 9.13 27.62 25.53 ...
..@ SData.firstonly: NULL
..@ Runno : num 5
..@ Nsim : NULL
..@ Doc : NULL
..@ Prefs :Formal class 'xpose.prefs' [package ".GlobalEnv"] with 8 slots
.. .. ..@ Xvardef :List of 14
.. .. .. ..$ id : chr "ID"
.. .. .. ..$ idlab : chr "ID"
.. .. .. ..$ idv : chr "TIME"
.. .. .. ..$ occ : chr "OCC"
.. .. .. ..$ dv : chr "DV"
.. .. .. ..$ pred : chr "PRED"
.. .. .. ..$ ipred : chr "IPRED"
.. .. .. ..$ iwres : chr "IWRES"
.. .. .. ..$ wres : chr "WRES"
.. .. .. ..$ cwres : chr "CWRES"
.. .. .. ..$ res : chr "RES"
.. .. .. ..$ parms : chr [1:6] "CL" "V" "KA" "ETA1" ...
.. .. .. ..$ covariates: chr [1:11] "SEX" "RACE" "SMOK" "HCTZ" ...
.. .. .. ..$ ranpar : chr [1:3] "ETA1" "ETA2" "ETA3"
.. .. ..@ Labels :List of 43
.. .. .. ..$ OCC : chr "Occasion"
.. .. .. ..$ TIME : chr "Time"
.. .. .. ..$ PRED : chr "Population predictions"
.. .. .. ..$ IPRED : chr "Individual predictions"
.. .. .. ..$ WRES : chr "Weighted residuals"
.. .. .. ..$ CWRES : chr "Conditional weighted residuals"
.. .. .. ..$ IWRES : chr "Individual weighted residuals"
.. .. .. ..$ DV : chr "Observations"
.. .. .. ..$ RES : chr "Residuals"
.. .. .. ..$ CL : chr "Clearance"
.. .. .. ..$ V : chr "Volume"
.. .. .. ..$ TAD : chr "Time after dose"
.. .. .. ..$ ID : chr "ID"
.. .. .. ..$ KA : chr "KA"
.. .. .. ..$ ETA1 : chr "ETA1"
.. .. .. ..$ ETA2 : chr "ETA2"
.. .. .. ..$ ETA3 : chr "ETA3"
.. .. .. ..$ SEX : chr "SEX"
.. .. .. ..$ RACE : chr "RACE"
.. .. .. ..$ SMOK : chr "SMOK"
.. .. .. ..$ HCTZ : chr "HCTZ"
.. .. .. ..$ PROP : chr "PROP"
.. .. .. ..$ CON : chr "CON"
.. .. .. ..$ AGE : chr "AGE"
.. .. .. ..$ HT : chr "HT"
.. .. .. ..$ WT : chr "WT"
.. .. .. ..$ SECR : chr "SECR"
.. .. .. ..$ NPRED : chr "NPRED"
.. .. .. ..$ NRES : chr "NRES"
.. .. .. ..$ NWRES : chr "NWRES"
.. .. .. ..$ PREDI : chr "PREDI"
.. .. .. ..$ RESI : chr "RESI"
.. .. .. ..$ WRESI : chr "WRESI"
.. .. .. ..$ CPRED : chr "CPRED"
.. .. .. ..$ CRES : chr "CRES"
.. .. .. ..$ CPREDI: chr "CPREDI"
.. .. .. ..$ CRESI : chr "CRESI"
.. .. .. ..$ CWRESI: chr "CWRESI"
.. .. .. ..$ EPRED : chr "EPRED"
.. .. .. ..$ ERES : chr "ERES"
.. .. .. ..$ EWRES : chr "EWRES"
.. .. .. ..$ NPDE : chr "NPDE"
.. .. .. ..$ ECWRES: chr "ECWRES"
.. .. ..@ Graph.prefs :List of 102
.. .. .. ..$ type : chr "b"
.. .. .. ..$ pch : num 1
.. .. .. ..$ cex : num 0.8
.. .. .. ..$ lty : num 1
.. .. .. ..$ lwd : num 1
.. .. .. ..$ col : num 4
.. .. .. ..$ fill : chr "lightblue"
.. .. .. ..$ grid : logi FALSE
.. .. .. ..$ aspect : num 1
.. .. .. ..$ condvar : NULL
.. .. .. ..$ byordfun : chr "median"
.. .. .. ..$ ordby : NULL
.. .. .. ..$ shingnum : num 6
.. .. .. ..$ shingol : num 0.5
.. .. .. ..$ abline : NULL
.. .. .. ..$ abllwd : num 1
.. .. .. ..$ ablcol : num 1
.. .. .. ..$ abllty : num 1
.. .. .. ..$ smlwd : num 2
.. .. .. ..$ smcol : num 2
.. .. .. ..$ smlty : num 1
.. .. .. ..$ smspan : num 0.667
.. .. .. ..$ smdegr : num 1
.. .. .. ..$ lmline : NULL
.. .. .. ..$ lmlwd : num 2
.. .. .. ..$ lmcol : num 2
.. .. .. ..$ lmlty : num 1
.. .. .. ..$ suline : NULL
.. .. .. ..$ sulwd : num 2
.. .. .. ..$ sucol : num 3
.. .. .. ..$ sulty : num 1
.. .. .. ..$ suspan : num 0.667
.. .. .. ..$ sudegr : num 1
.. .. .. ..$ ids : logi FALSE
.. .. .. ..$ idsmode : NULL
.. .. .. ..$ idsext : num 0.05
.. .. .. ..$ idscex : num 0.7
.. .. .. ..$ idsdir : chr "both"
.. .. .. ..$ dilfrac : num 0.7
.. .. .. ..$ diltype : NULL
.. .. .. ..$ dilci : num 0.95
.. .. .. ..$ PIuplty : num 2
.. .. .. ..$ PIdolty : num 2
.. .. .. ..$ PImelty : num 1
.. .. .. ..$ PIuptyp : chr "l"
.. .. .. ..$ PIdotyp : chr "l"
.. .. .. ..$ PImetyp : chr "l"
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.. .. .. ..$ PIupltyR : num 1
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.. .. .. ..$ PIuptypR : chr "l"
.. .. .. ..$ PIdotypR : chr "l"
.. .. .. ..$ PImetypR : chr "l"
.. .. .. ..$ PIupcolR : chr "blue"
.. .. .. ..$ PIdocolR : chr "blue"
.. .. .. ..$ PImecolR : chr "blue"
.. .. .. ..$ PIuplwdR : num 2
.. .. .. ..$ PIdolwdR : num 2
.. .. .. ..$ PImelwdR : num 2
.. .. .. ..$ PIupltyM : num 1
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.. .. .. ..$ PImeltyM : num 2
.. .. .. ..$ PIuptypM : chr "l"
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.. .. .. ..$ PImetypM : chr "l"
.. .. .. ..$ PIupcolM : chr "darkgreen"
.. .. .. ..$ PIdocolM : chr "darkgreen"
.. .. .. ..$ PImecolM : chr "darkgreen"
.. .. .. ..$ PIuplwdM : num 0.5
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.. .. .. ..$ PImelwdM : num 0.5
.. .. .. ..$ PIarcol : chr "lightgreen"
.. .. .. ..$ PIlimits : num [1:2] 0.025 0.975
.. .. .. ..$ bwhoriz : logi FALSE
.. .. .. ..$ bwratio : num 1.5
.. .. .. ..$ bwvarwid : logi FALSE
.. .. .. ..$ bwdotpch : num 16
.. .. .. ..$ bwdotcol : chr "black"
.. .. .. ..$ bwdotcex : num 1
.. .. .. ..$ bwreccol : chr "blue"
.. .. .. ..$ bwrecfill: chr "transparent"
.. .. .. ..$ bwreclty : num 1
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.. .. .. ..$ bwumblty : num 1
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.. .. .. ..$ bwoutcol : chr "blue"
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.. .. .. ..$ bwoutpch : num 1
.. .. .. ..$ hicol : num 5
.. .. .. ..$ hiborder : num 1
.. .. .. ..$ hilty : num 1
.. .. .. ..$ hilwd : num 1
.. .. .. .. [list output truncated]
.. .. ..@ Miss : num -99
.. .. ..@ Cat.levels : num 4
.. .. ..@ DV.Cat.levels: num 7
.. .. ..@ Subset : NULL
.. .. ..@ Gam.prefs :List of 21
.. .. .. ..$ onlyfirst : logi TRUE
.. .. .. ..$ wts : logi FALSE
.. .. .. ..$ start.mod : NULL
.. .. .. ..$ steppit : logi TRUE
.. .. .. ..$ disp : NULL
.. .. .. ..$ nmods : num 3
.. .. .. ..$ smoother1 : num 0
.. .. .. ..$ smoother2 : num 1
.. .. .. ..$ smoother3 : chr "ns"
.. .. .. ..$ smoother4 : chr "ns"
.. .. .. ..$ arg1 : NULL
.. .. .. ..$ arg2 : NULL
.. .. .. ..$ arg3 : chr "df=2"
.. .. .. ..$ arg4 : chr "df=3"
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.. .. .. ..$ extra : NULL
.. .. .. ..$ plot.ids : logi TRUE
.. .. .. ..$ medianNorm: logi TRUE
Details
The database can be used to test functions in Xpose 4. This database is
slightly different than the database that is created when reading in the
files created by simprazExample
using xpose.data
.
See Also
simprazExample
Examples
data(simpraz.xpdb)
str(simpraz.xpdb)
Results