次世代シーケンサーによる大量配列解析

新しい原理にもとづく配列解読装置(シーケンサー)が次々と開発されており、これらは次世代シーケンサーと呼ばれています。
その性能はヒトゲノムプロジェクトを支えた従来の配列解読装置を凌駕しており、革命的ともいえる驚異的な配列解読能力によって、トランスクリプトーム解析、制御因子解析、エピジェネティクス解析、メタゲノム解析など、これまで不可能だった研究が次々と行なわれています。

弊社スタッフは、次世代シーケンサー(NGS)で解読された大量の配列(リード配列)のデータ解析を、バイオインフォマィテクスを活用して早期(2007年度)より行なっています。
具体的には、リード配列の参照配列への高速マッピングやクラスタリング、アノテーション、ゲノムブラウザでの表示などを、当初は便利なツール群も少なかったため、プログラム開発が必要な場合はスクラッチで開発し、統計的検証作業を同時に実行して実現しています。
弊社スタッフがサポートした研究者様の成果が、2008年、2009年度のNatureをはじめとした論文(弊社スタッフも著者)となって公開されています。

この分野は、第3世代シーケンサー(次々世代シーケンサー)(PacBioなど)が台頭しつつあるなど特に進展が早いですがフォローを継続しています。
お客様のご研究分野に応じてサポート可能ですので、お気軽にお問い合わせください。

(2013.11追記)
最近の成果では、エピゲノム解析の分野で、DNAメチル化情報解析パイプラインの開発をサポートし、DNAメチル化情報、ヒストン修飾情報、RNA発現情報の関連性を解析するプログラム作成に貢献しました。

また、第3世代シーケンサPacBioの出力データから、ゲノムをアセンブルするプログラムPBSIMを研究者様のご指導の下作成しました。PBSIMはソースコードが、google codeでGNU GPL v2ライセンスの下、こちらで公開されています。