蛋白質表面形状と物性に関するデータベース

タンパク質の原子座標情報から計算した分子表面形状と、静電ポテンシャル、疎水性度のデータベース、データファイルの仕様策定およびWebシステム構築、運用の経験があります。

タンパク質複合体の場合はサブユニットごと、 NMRで構造決定されたタンパク質の場合はモデルごとに個別のエントリーとして扱いインタラクティブな構造表示が提供されています。
データはPDBjのエントリーを元に毎週更新される機能があります。

また、タンパク質の分子表面計算サービスや構造類似性検索サービスの計算の自動化とWebインターフェース構築や、生体高分子の立体構造表示ソフトウェアのスクラッチ開発サポートも経験しました。
これは、生体高分子の立体構造をOpenGLを用いて三次元表示するJavaアプリケーションで、アプレットとしてWebページ内でも利用でき、PDBファイル、PDBMLファイルを読み込んで表示できたり、任意のポリゴン図形を表示できます。