Last data update: 2014.03.03
R: DVH data for 'John Doe' and 'Jane Doe'; 3D structural data...
DVH data for 'John Doe' and 'Jane Doe'; 3D structural data for 'cord', 'mandible', and 'teeth'; RT data for 'Jane Doe'; and a zDVH object for 'stomach'
Description
List of 10 DVH objects corresponding to structures (e.g. liver) for patients 'John Doe' and 'Jane Doe'; Two structure3D objects ('cord' and 'mandible') and one structure list ('teeth') containing 3 structures; an RTdata object for 'Jane Doe' containing dose grid information and a structure list with 3 structures; and one zDVH object ('stomach').
Usage
data(package="RadOnc")
Format
The format for johndoe
is:
Formal class 'DVH.list' [package "RadOnc"] with 1 slots
..@ structures:List of 10
.. ..$ LIVER :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "LIVER"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 1367
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 92.9
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 4.9
.. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. ..@ dose.STD : num 10.8
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 1367 414 392 378 368 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ SMALL_BOWEL :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "SMALL_BOWEL"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 206
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 99.8
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 4.3
.. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. ..@ dose.STD : num 15.3
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 206.2 43.1 39.5 37.4 35.8 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ DUODENUM :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "DUODENUM"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 93.1
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 102
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 70.7
.. .. .. ..@ dose.median : num 81.3
.. .. .. ..@ dose.mode : num 100
.. .. .. ..@ dose.STD : num 30.3
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 93.1 93.1 93 93 92.9 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ STOMACH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "STOMACH"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 304
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 101
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 7.9
.. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. ..@ dose.STD : num 22.8
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 303.6 78 71.5 67.8 65.1 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ CTV :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "CTV"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 88.4
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 103
.. .. .. ..@ dose.min : num 96.8
.. .. .. ..@ dose.mean : num 100
.. .. .. ..@ dose.median : num 100
.. .. .. ..@ dose.mode : num 100
.. .. .. ..@ dose.STD : num 0.7
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 88.4 88.4 88.4 88.4 88.4 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ PTV :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "PTV"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 156
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 103
.. .. .. ..@ dose.min : num 84.1
.. .. .. ..@ dose.mean : num 99.6
.. .. .. ..@ dose.median : num 99.8
.. .. .. ..@ dose.mode : num 99.9
.. .. .. ..@ dose.STD : num 1.2
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 156 156 156 156 156 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ BODY :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "BODY"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 17666
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 103
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 5.6
.. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. ..@ dose.STD : num 17.1
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 17666 3424 3290 3206 3143 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ LEFT_KIDNEY :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "LEFT_KIDNEY"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 154
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 44.4
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 4.7
.. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. ..@ dose.STD : num 9.5
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 154.2 48.3 46.4 45.3 44.4 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ RIGHT_KIDNEY:Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "RIGHT_KIDNEY"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 155
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 98.5
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 24.2
.. .. .. ..@ dose.median : num 24.3
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. ..@ dose.STD : num 22.8
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 155 134 132 130 129 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. ..$ CORD :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "John Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "5555555555"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "CORD"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 40.7
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 55.5
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 20.7
.. .. .. ..@ dose.median : num 4.1
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. ..@ dose.STD : num 23.2
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1026] 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "relative"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1026] 40.7 23 22.7 22.4 22.2 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
The format for janedoe
is:
Formal class 'DVH.list' [package "RadOnc"] with 1 slots
..@ structures:List of 10
.. ..$ LIVER :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "LIVER"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 1636
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 5634
.. .. .. ..@ dose.min : num 42.7
.. .. .. ..@ dose.mean : num 707
.. .. .. ..@ dose.median : num 276
.. .. .. ..@ dose.mode : num 99.5
.. .. .. ..@ dose.STD : num 917
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ LEFT_KIDNEY :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "LEFT_KIDNEY"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 196
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 3847
.. .. .. ..@ dose.min : num 75.8
.. .. .. ..@ dose.mean : num 1021
.. .. .. ..@ dose.median : num 703
.. .. .. ..@ dose.mode : num 119
.. .. .. ..@ dose.STD : num 802
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ STOMACH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "STOMACH"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 695
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 5353
.. .. .. ..@ dose.min : num 59
.. .. .. ..@ dose.mean : num 1280
.. .. .. ..@ dose.median : num 1302
.. .. .. ..@ dose.mode : num 111
.. .. .. ..@ dose.STD : num 1062
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ DUODENUM :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "DUODENUM"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 34.2
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 5620
.. .. .. ..@ dose.min : num 2708
.. .. .. ..@ dose.mean : num 4755
.. .. .. ..@ dose.median : num 4943
.. .. .. ..@ dose.mode : num 5365
.. .. .. ..@ dose.STD : num 635
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ RIGHT_KIDNEY:Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "RIGHT_KIDNEY"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 224
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 4202
.. .. .. ..@ dose.min : num 102
.. .. .. ..@ dose.mean : num 1511
.. .. .. ..@ dose.median : num 1624
.. .. .. ..@ dose.mode : num 1638
.. .. .. ..@ dose.STD : num 714
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ CTV :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "CTV"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 147
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 5647
.. .. .. ..@ dose.min : num 5169
.. .. .. ..@ dose.mean : num 5500
.. .. .. ..@ dose.median : num 5505
.. .. .. ..@ dose.mode : num 5500
.. .. .. ..@ dose.STD : num 59.8
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ PTV :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "PTV"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 239
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 5665
.. .. .. ..@ dose.min : num 4750
.. .. .. ..@ dose.mean : num 5471
.. .. .. ..@ dose.median : num 5493
.. .. .. ..@ dose.mode : num 5500
.. .. .. ..@ dose.STD : num 98.6
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ SMALL_BOWEL :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "SMALL_BOWEL"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 232
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 4934
.. .. .. ..@ dose.min : num 59.6
.. .. .. ..@ dose.mean : num 294
.. .. .. ..@ dose.median : num 171
.. .. .. ..@ dose.mode : num 127
.. .. .. ..@ dose.STD : num 391
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ CORD :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "CORD"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 64.9
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 3443
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 732
.. .. .. ..@ dose.median : num 136
.. .. .. ..@ dose.mode : num 6.9
.. .. .. ..@ dose.STD : num 953
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 98.5 95.9 93.8 90.8 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ BODY :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. ..@ patient : chr "Jane Doe"
.. .. .. ..@ ID : chr "1111111111"
.. .. .. ..@ structure.name : chr "BODY"
.. .. .. ..@ structure.volume: num 25508
.. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. ..@ dose.max : num 5665
.. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. ..@ dose.mean : num 478
.. .. .. ..@ dose.median : num 66.4
.. .. .. ..@ dose.mode : num 0.4
.. .. .. ..@ dose.STD : num 946
.. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. ..@ dose.rx : num 5500
.. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. ..@ doses : num [1:1133] 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 ...
.. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. ..@ volumes : num [1:1133] 100 77.7 75.1 73 71.3 ...
.. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
The format for janedoe.RTdata
is:
Formal class 'RTdata' [package "RadOnc"] with 4 slots
..@ name : chr "Jane Doe"
..@ CT : logi[0 , 0 , 0 ]
..@ dose : num [1:74, 1:72, 1:51] 2.79 2.87 2.96 3.08 3.32 ...
.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 3
.. .. ..$ : chr [1:74] "-57.5120192" "-55.0120192" "-52.5120192" "-50.0120192" ...
.. .. ..$ : chr [1:72] "-309.3547858" "-306.8547858" "-304.3547858" "-301.8547858" ...
.. .. ..$ : chr [1:51] "-102" "-99" "-96" "-93" ...
..@ structures:Formal class 'structure.list' [package "RadOnc"] with 1 slots
.. .. ..@ structures:List of 3
.. .. .. ..$ STOMACH:Formal class 'structure3D' [package "RadOnc"] with 9 slots
.. .. .. .. .. ..@ name : chr "STOMACH"
.. .. .. .. .. ..@ volume : num 0
.. .. .. .. .. ..@ volume.units : chr "cc"
.. .. .. .. .. ..@ coordinate.units: chr "cm"
.. .. .. .. .. ..@ vertices : num [1:9222, 1:3] -23.4 -21.5 -19.5 -17.6 -15.6 ...
.. .. .. .. .. ..@ origin : num [1:3] 42.5 -202.6 -26.8
.. .. .. .. .. ..@ triangles : logi[1:3, 0 ]
.. .. .. .. .. ..@ closed.polys :List of 52
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:192, 1:3] -23.4 -21.5 -19.5 -17.6 -15.6 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:188, 1:3] -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 5.86 7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:4, 1:3] 70.3 70.1 70.3 70.5 -191.9 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:192, 1:3] -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:182, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:180, 1:3] -35.2 -33.2 -31.2 -29.3 -27.3 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:174, 1:3] -35.2 -33.2 -31.2 -29.3 -27.3 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:180, 1:3] -33.2 -31.2 -29.3 -27.3 -25.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:170, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:168, 1:3] -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:160, 1:3] -17.58 -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:152, 1:3] -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:174, 1:3] -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 5.86 6.48 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:176, 1:3] -7.81 -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 5.86 7.81 9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:176, 1:3] -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 -11.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:4, 1:3] 7.81 6.99 7.81 8.11 -158.68 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:194, 1:3] -17.58 -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:4, 1:3] -29.3 -29.3 -29.3 -29.3 -160.8 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:194, 1:3] -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 5.86 7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:192, 1:3] -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 -5.86 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:214, 1:3] -11.72 -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:216, 1:3] -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 4.51 5.86 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:214, 1:3] -11.72 -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:204, 1:3] -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 -11.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:208, 1:3] -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.81 3.91 5.86 7.81 9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:210, 1:3] 7.81 9.77 11.72 13.67 15.63 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:4, 1:3] 7.81 7.71 7.81 7.91 -164.59 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:208, 1:3] -7.81 -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 5.86 7.81 9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:198, 1:3] -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 -1.95 0 1.95 3.91 5.86 7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:198, 1:3] -1.95 0 1.95 3.91 5.57 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:232, 1:3] 1.95 3.91 5.86 6.47 7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:236, 1:3] 7.81 9.77 11.72 13.67 15.63 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:290, 1:3] 1.95 3.91 5.86 7.81 9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:278, 1:3] 21.5 23.4 25.4 27.3 28.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:246, 1:3] 44.9 46.9 48.8 50.8 52.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:248, 1:3] 44.9 46.9 48.8 50.8 52.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:234, 1:3] 56.6 58.6 60.5 62.5 64.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:234, 1:3] 62.5 64.5 66.4 68.4 70.3 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:232, 1:3] 70.3 72.3 74.2 76.2 78.1 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:216, 1:3] 78.1 80.1 82 84 85.9 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:212, 1:3] 80.1 82 84 85.9 87.9 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:202, 1:3] 80.1 82 84 85.9 86.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:198, 1:3] 80.1 82 84 85.9 87.9 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:180, 1:3] 87.9 89.5 89.8 91.8 93.8 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:176, 1:3] 91.8 93.8 95.7 97.7 99.6 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:158, 1:3] 84 85.9 87.9 89.8 90 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:158, 1:3] 84 85.9 87.9 88.1 89.8 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:142, 1:3] 80.1 82 84 85.9 87.9 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:146, 1:3] 78.1 80.1 82 84 85.9 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:130, 1:3] 76.2 78.1 80.1 82 84 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:74, 1:3] 80.1 82 84 85.9 86.1 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:70, 1:3] 82 84 85.9 87.3 87.9 ...
.. .. .. .. .. .. ..- attr(*, "dim")= int [1:2] 52 1
.. .. .. .. .. ..@ DVH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 22 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ patient : chr ""
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ID : chr ""
.. .. .. .. .. .. .. ..@ structure.name : chr "STOMACH"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ structure.volume: num 699
.. .. .. .. .. .. .. ..@ type : chr "differential"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.max : num 53.6
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.min : num 0.594
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.mean : num 12.8
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.STD : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.rx : num 55
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. .. .. .. .. ..@ doses : num [1:5665] 0 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09 ...
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.units : chr "Gy"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ volumes : num [1:5665] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
.. .. .. .. .. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. .. .. ..$ CTV :Formal class 'structure3D' [package "RadOnc"] with 9 slots
.. .. .. .. .. ..@ name : chr "CTV"
.. .. .. .. .. ..@ volume : num 0
.. .. .. .. .. ..@ volume.units : chr "cc"
.. .. .. .. .. ..@ coordinate.units: chr "cm"
.. .. .. .. .. ..@ vertices : num [1:2440, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. ..@ origin : num [1:3] -11.9 -237.5 -52.7
.. .. .. .. .. ..@ triangles : logi[1:3, 0 ]
.. .. .. .. .. ..@ closed.polys :List of 23
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:56, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:74, 1:3] -31.2 -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:92, 1:3] -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 -19.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:96, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:102, 1:3] -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 -19.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:112, 1:3] -23.4 -22.5 -21.5 -19.5 -17.6 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:116, 1:3] -39.1 -37.1 -35.2 -33.2 -31.2 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:112, 1:3] -35.2 -33.2 -31.2 -29.3 -27.3 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:114, 1:3] -21.5 -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:110, 1:3] -21.5 -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:112, 1:3] -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:108, 1:3] -17.58 -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:116, 1:3] -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:120, 1:3] -11.72 -9.77 -8.79 -7.81 -5.86 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:126, 1:3] -17.58 -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:124, 1:3] -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 -11.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:124, 1:3] -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:120, 1:3] -17.58 -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:110, 1:3] -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:106, 1:3] -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 -5.86 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:102, 1:3] -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 -5.86 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:100, 1:3] -11.72 -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:88, 1:3] -11.72 -9.77 -7.81 -5.86 -3.91 ...
.. .. .. .. .. .. ..- attr(*, "dim")= int [1:2] 23 1
.. .. .. .. .. ..@ DVH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 22 slots
.. .. .. .. .. .. .. ..@ patient : chr ""
.. .. .. .. .. .. .. ..@ ID : chr ""
.. .. .. .. .. .. .. ..@ structure.name : chr "CTV"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ structure.volume: num 148
.. .. .. .. .. .. .. ..@ type : chr "differential"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.max : num 56.5
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.min : num 51.7
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.mean : num 55
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.STD : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. .. .. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.rx : num 55
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.fx : num 25
.. .. .. .. .. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. .. .. .. .. ..@ doses : num [1:5665] 0 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09 ...
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ dose.units : chr "Gy"
.. .. .. .. .. .. .. ..@ volumes : num [1:5665] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
.. .. .. .. .. .. .. ..@ volume.type : chr "absolute"
.. .. .. ..$ PTV :Formal class 'structure3D' [package "RadOnc"] with 9 slots
.. .. .. .. .. ..@ name : chr "PTV"
.. .. .. .. .. ..@ volume : num 0
.. .. .. .. .. ..@ volume.units : chr "cc"
.. .. .. .. .. ..@ coordinate.units: chr "cm"
.. .. .. .. .. ..@ vertices : num [1:3314, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. ..@ origin : num [1:3] -11.8 -237.1 -52.7
.. .. .. .. .. ..@ triangles : logi[1:3, 0 ]
.. .. .. .. .. ..@ closed.polys :List of 27
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:64, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:78, 1:3] -31.2 -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:94, 1:3] -33.2 -31.2 -29.3 -27.3 -25.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:106, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:112, 1:3] -31.2 -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:126, 1:3] -33.2 -31.2 -29.3 -27.3 -25.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:130, 1:3] -31.2 -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:136, 1:3] -29.3 -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:134, 1:3] -27.3 -25.4 -23.4 -21.5 -20.4 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:136, 1:3] -41 -39.1 -37.1 -35.2 -33.2 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:134, 1:3] -37.1 -35.2 -33.2 -31.2 -29.3 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:132, 1:3] -23.4 -21.5 -19.5 -17.6 -15.6 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:128, 1:3] -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 -11.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:134, 1:3] -21.5 -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:138, 1:3] -13.67 -11.72 -9.77 -7.81 -6.71 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:144, 1:3] -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 -11.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:142, 1:3] -21.5 -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:144, 1:3] -17.58 -15.63 -13.67 -11.72 -9.77 ...
.. .. .. .. .. .. ..$ : num [1:142, 1:3] -19.5 -17.6 -15.6 -13.7 -11.7 ...
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.. .. ..@ doses : num(0)
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The format for mandible
is:
Formal class 'structure3D' [package "RadOnc"] with 9 slots
..@ name : chr "Mandible"
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.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
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.. .. ..$ : NULL
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.. ..$ : num [1:18, 1:3] -47.9 -45.9 -44.9 -44.5 -44.5 ...
.. ..$ : num [1:24, 1:3] 47.9 48.5 49.6 49.8 50.8 ...
.. .. [list output truncated]
.. ..- attr(*, "dim")= int [1:2] 104 1
..@ DVH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. ..@ patient : chr ""
.. .. ..@ ID : chr ""
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.. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. ..@ gradient : num 0
.. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. ..@ dose.rx : num 0
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.. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. ..@ doses : num(0)
.. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
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The format for teeth
is:
Formal class 'structure.list' [package "RadOnc"] with 1 slots
..@ structures:List of 3
.. ..$ Tooth #1:Formal class 'structure3D' [package "RadOnc"] with 9 slots
.. .. .. ..@ name : chr "Tooth #1"
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.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -28.3 -27.5 -26.4 -24.4 -23.1 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -26.2 -24.4 -22.8 ...
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.. .. .. .. ..$ : num [1:30, 1:3] -28.3 -27.9 -26.4 -24.4 -24.1 ...
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.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -30.3 -28.3 -27.5 -28.3 -30.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -18.6 -17.4 -16.8 -18.6 -20.4 ...
.. .. .. .. ..- attr(*, "dim")= int [1:2] 23 1
.. .. .. ..@ DVH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. .. .. ..@ patient : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ ID : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ structure.name : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ structure.volume: num(0)
.. .. .. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. .. .. ..@ dose.max : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.mean : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.STD : num 0
.. .. .. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. .. .. ..@ dose.rx : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.fx : num 0
.. .. .. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. .. .. ..@ doses : num(0)
.. .. .. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. .. .. ..@ volumes : num(0)
.. .. .. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ Tooth #2:Formal class 'structure3D' [package "RadOnc"] with 9 slots
.. .. .. ..@ name : chr "Tooth #2"
.. .. .. ..@ volume : num 0
.. .. .. ..@ volume.units : chr "cc"
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.. .. .. ..@ vertices : num [1:338, 1:3] -26.4 -26.2 -24.4 -23.5 -22.5 ...
.. .. .. ..@ origin : num [1:3] -25.1 -129.4 -100.9
.. .. .. ..@ triangles : logi[1:3, 0 ]
.. .. .. ..@ closed.polys :List of 24
.. .. .. .. ..$ : num [1:16, 1:3] -26.4 -26.2 -24.4 -23.5 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -25.8 -24.4 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -30.3 -28.3 -26.4 -24.5 -24.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -23.9 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -30.3 -28.3 -26.4 -24.4 -22.8 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -28.3 -27.1 -26.4 -24.4 -23.2 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -28.3 -26.4 -25.9 -24.4 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -30.3 -28.3 -26.4 -25 -24.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:18, 1:3] -28.3 -26.4 -24.7 -24.4 -22.8 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -22.5 -20.5 -18.6 -17.8 -18.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:14, 1:3] -28.3 -26.4 -26.3 -24.6 -24.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -30.3 -28.3 -26.6 -26.4 -25.7 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -22.5 -20.5 -18.6 -17.9 -18.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -28.3 -27.5 -26.4 -24.6 -24.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:8, 1:3] -20.5 -18.6 -16.9 -16.8 -18.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -24.2 -24.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:8, 1:3] -30.3 -28.3 -27 -26.4 -28.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -20.5 -18.6 -16.6 -16.3 -16.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -28.3 -26.4 -25.3 -26.4 -28.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -30.3 -28.3 -27.1 -28.3 -30.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -18.6 -17.1 -17.6 -18.6 -18.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -30.3 -28.3 -26.9 -28.3 -30.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:8, 1:3] -18.6 -18.5 -16.6 -16.4 -16.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:4, 1:3] -18.6 -16.8 -18.6 -19.1 -129.4 ...
.. .. .. .. ..- attr(*, "dim")= int [1:2] 24 1
.. .. .. ..@ DVH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. .. .. ..@ patient : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ ID : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ structure.name : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ structure.volume: num(0)
.. .. .. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. .. .. ..@ dose.max : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.mean : num 0
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.. .. .. .. .. ..@ dose.STD : num 0
.. .. .. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. .. .. ..@ dose.rx : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.fx : num 0
.. .. .. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. .. .. ..@ doses : num(0)
.. .. .. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. .. .. ..@ volumes : num(0)
.. .. .. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
.. ..$ Tooth #3:Formal class 'structure3D' [package "RadOnc"] with 9 slots
.. .. .. ..@ name : chr "Tooth #3"
.. .. .. ..@ volume : num 0
.. .. .. ..@ volume.units : chr "cc"
.. .. .. ..@ coordinate.units: chr "cm"
.. .. .. ..@ vertices : num [1:310, 1:3] -28.3 -26.4 -28.3 -29.4 -24.4 ...
.. .. .. ..@ origin : num [1:3] -24.7 -129.4 -100.3
.. .. .. ..@ triangles : logi[1:3, 0 ]
.. .. .. ..@ closed.polys :List of 24
.. .. .. .. ..$ : num [1:4, 1:3] -28.3 -26.4 -28.3 -29.4 -126.7 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -24.4 -22.5 -22 -22.5 -24.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:16, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -24 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -24.1 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -23.6 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -23.4 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -23 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:24, 1:3] -28.3 -26.4 -25.2 -24.4 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -24.7 -24.4 -22.5 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:22, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -24.2 -22.9 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:14, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -23.6 -24 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -22.5 -20.5 -18.6 -16.8 -17.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:8, 1:3] -28.3 -26.4 -24.4 -23.5 -24.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:8, 1:3] -28.3 -26.4 -26 -25.4 -26.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -20.5 -18.6 -16.6 -16.5 -16.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -28.3 -27.3 -26.4 -24.4 -24.2 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:8, 1:3] -30.3 -28.3 -26.4 -26.3 -26.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:10, 1:3] -20.5 -18.6 -16.6 -16.5 -16.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:16, 1:3] -28.3 -27.3 -26.4 -25.4 -26.4 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:8, 1:3] -20.5 -18.6 -16.7 -17.7 -18.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -30.3 -28.3 -27.2 -28.3 -30.3 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -18.6 -18 -17.6 -18.6 -20.1 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -30.3 -29.7 -28.7 -30.3 -30.6 ...
.. .. .. .. ..$ : num [1:6, 1:3] -18.6 -16.7 -16.7 -18.6 -18.7 ...
.. .. .. .. ..- attr(*, "dim")= int [1:2] 24 1
.. .. .. ..@ DVH :Formal class 'DVH' [package "RadOnc"] with 18 slots
.. .. .. .. .. ..@ patient : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ ID : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ structure.name : chr ""
.. .. .. .. .. ..@ structure.volume: num(0)
.. .. .. .. .. ..@ type : chr "cumulative"
.. .. .. .. .. ..@ dose.max : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.min : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.mean : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.median : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.mode : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.STD : num 0
.. .. .. .. .. ..@ conf.index : num 0
.. .. .. .. .. ..@ equiv.sphere : num 0
.. .. .. .. .. ..@ gradient : num 0
.. .. .. .. .. ..@ plan.sum : log FALSE
.. .. .. .. .. ..@ dose.rx : num 0
.. .. .. .. .. ..@ dose.fx : num 0
.. .. .. .. .. ..@ rx.isodose : num 100
.. .. .. .. .. ..@ doses : num(0)
.. .. .. .. .. ..@ dose.type : chr "absolute"
.. .. .. .. .. ..@ dose.units : chr "cGy"
.. .. .. .. .. ..@ volumes : num(0)
.. .. .. .. .. ..@ volume.type : chr "relative"
The format for stomach
is:
Formal class 'zDVH' [package "RadOnc"] with 22 slots
..@ patient : chr ""
..@ ID : chr ""
..@ structure.name : chr "STOMACH"
..@ structure.volume: num 699
..@ type : chr "differential"
..@ dose.max : num 53.6
..@ dose.min : num 0.594
..@ dose.mean : num 12.5
..@ dose.median : num 0
..@ dose.mode : num 0
..@ dose.STD : num 0
..@ conf.index : num 0
..@ equiv.sphere : num 0
..@ gradient : num 0
..@ plan.sum : log FALSE
..@ dose.rx : num 55
..@ dose.fx : num 25
..@ rx.isodose : num 100
..@ doses : num [1:114] 0.125 0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5 4 4.5 ...
..@ dose.type : chr "absolute"
..@ dose.units : chr "Gy"
..@ volumes : numeric [1:114, 1:48] 0 0 0 0 0 ...
.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. ..$ : NULL
.. .. ..$ : chr [1:48] "-96" "-93" "-90" "-87" ...
.. ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "numeric" "matrix"
..@ volume.type : chr "absolute"
Examples
data(list="RadOnc",package="RadOnc")
Results
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
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> library(RadOnc)
Loading required package: rgl
Loading required package: geometry
Loading required package: magic
Loading required package: abind
Loading required package: oro.dicom
oro.dicom: Rigorous - DICOM Input / Output (version = 0.5.0)
Loading required package: ptinpoly
Loading required package: misc3d
> png(filename="/home/ddbj/snapshot/RGM3/R_CC/result/RadOnc/RadOnc.Rd_%03d_medium.png", width=480, height=480)
> ### Name: RadOnc
> ### Title: DVH data for 'John Doe' and 'Jane Doe'; 3D structural data for
> ### 'cord', 'mandible', and 'teeth'; RT data for 'Jane Doe'; and a zDVH
> ### object for 'stomach'
> ### Aliases: johndoe janedoe janedoe.RTdata cord mandible stomach teeth
> ### RadOnc-data
> ### Keywords: datasets
>
> ### ** Examples
>
> data(list="RadOnc",package="RadOnc")
>
>
>
>
>
> dev.off()
null device
1
>