IPABコンテスト:「コンピュータで薬のタネを創る」において、グランプリNEC賞を受賞しました

IPABコンテスト:「コンピュータで薬のタネを創る」※においてグランプリNEC賞を受賞しました。
※主催:特定非営利活動法人並列生物情報処理イニシアティブ(IPAB)
※後援:独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)、一般財団法人バイオインダストリー協会(JBA)、日本製薬工業協会)
※グランプリには、グランプリNvidia賞もありました。

IPABコンテストとは、IT創薬に関する技術を広く浸透させること、IT創薬への参加者の裾野を広げることを目的として、創薬プロセスの上流であるヒット化合物(薬のタネ)の探索をテーマに、IPABにより企画されたコンテストです。

今回は、標的蛋白質(Human c-Yes kinase)のリン酸化活性を阻害する化合物の探索をテーマとして、IPABで与えられた化合物ライブラリの中から、課題とした標的蛋白質の機能を強く阻害する化合物を予測・選択し、実際にそれらの化合物の阻害活性を実験(アッセイ)によりランキングし、“良い”化合物かを評価するという、世界的に見てもユニークで初めてのコンテストでした。

839 化合物を対象にした阻害アッセイの結果を学習データとし、機械学習アルゴリズムRandomForest を用いてヒトc-Yes キナーゼ阻害活性に関するQSAR モデルを構築し、高い阻害活性が予測された化合物上位120 件を阻害剤候補とする、知識・リガンドベースな手法により、すべてコンピュータ上で計算・予測しました。

発表会及び表彰式の様子(IPAB)
発表会及び表彰式の様子(HPCwire JAPAN)
発表会及び表彰式の様子(日経バイオテク)<要会員登録>

平成26年7月17日のIPABコンテスト発表会で手法を発表しました。
その際に、IPABからいただいた賞状と盾
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