バイオインフォマティクスの開発・サービス事例

高度なITスキルに基づくシステム開発

国内研究機関の多数の生命科学データベース・Webサイトの開発・サポートを実施しています。
論文リストはこちら。

最先端のIT技術を把握した上で、要件に最適な技術を採用いたします。
開発に用いた技術の例をご紹介します。

  • Webアプリの設計・開発: Java、 PHP、 Ruby on Rails
  • グラフィカルなWeb表示: HTML5、 jQuery(UI)
  • セマンティックWeb開発:
    (1) 解析サービスサイト: SADI
    (2) RDF/RDFS関連開発: Sesame、OWLIM、Raptor、SPARQL
  • 公開計算サーバ上の並列分散処理: SOAP、 WebAPI (REST)
  • ユーザ定義型ワークフローによる多数の計算のパイプライン化: KNIME
  • DB高速化: Redis (キー・バリュー型のNoSQL実装)
  • 開発後の負荷テストの設計・実施やプロセス監視: God
  • 月間約 6,000 ページビューある R Graphical Manual ※ の公開による統計科学の普及に貢献
  • R による統計解析プログラム作成、計算サービス

※ R Graphical Manual は、国立遺伝学研究所の小笠原 理先生のプロダクトです。

ケモインフォマティクスの開発・サービス事例

ニーズに合わせた開発事例

以下のプログラム開発・計算サービスを行います。

  1. RDKitを用いた構造解析、構造最適化するpythonプログラム開発。
  2. 活性予測、そのための各種ターゲットタンパク質のモデル化(回帰パラメター生成)、モデル作成の信頼性確認のための相関係数グラフや、予測化合物の PCA グラフ作成。
  3. sdf / SMILES ファイルの 3 次元化と conformer生成による mol2 ファイル変換、分子識別のための property 値付与。
  4. スクリーニング計算、ポケット探索
  5. ドッキング計算、MD 計算
  6. 類似化合物検索、部分構造検索