QEX Suite は、医薬品候補化合物の効率的なスクリーニングを実現する drug likeness (薬らしさ) 評価ソフトウエアです。
- IT 創薬コンテストで 2部門同時受賞したツールを製品化しました。
- ユーザが興味のある任意のターゲットについてモデル作成して drug likeness 評価します。
- 2次元構造の SDF / SMILES 形式の化合物データだけから、モデル作成が可能です。３次元構造データは使用しません。
- 添付するマニュアルの実行例として Src 阻害剤のモデルが作成できます。かつ、オリジナル QED 法のモデルも添付します。
- ご要望に応じて、秘密保持契約の上、モデル作成のサービスも承ります。
IT 創薬コンテストで 2部門同時受賞した性能
- 第2回 IPABコンテスト「コンピュータで薬のタネを創る2」において、ヒット率部門とリガンド効率部門でグランプリを受賞したときに使用したツールを製品化しました。QEX Suiteは、コンテストで使用した新たな drug likeness 評価手法を実装したソフトウェアです。
QEX: target-specific druglikeness filter enhances ligand-based virtual, Mochizuki M, Suzuki SD, Yanagisawa K, Ohue M, Akiyama Y.
Molecular Diversity, 1-8, 2018. doi: 10.1007/s11030-018-9842-3
ターゲットに特化した drug likeness 評価の効果
- QEX Suite は経口薬を想定した drug likeness 評価手法である QED (quantitative estimate of drug likeness)法 ※ をベースとしていますが、任意の化合物セットを用いて評価モデルを構築することができます。従って、特定のターゲットタンパク質の既知阻害剤を用いて構築したモデルを使用すれば、ターゲットに特化したより精密な drug likeness の評価が実現できます。なお、付属の評価モデルを用いることで、オリジナルの QED に相当する評価も可能です。
※ Quantifying the chemical beauty of drugs, G. Richard Bickerton,Gaia V. Paolini, Jeremy Besnard, Sorel Muresan, Andrew L. Hopkins,
Nature Chemistry, Vol. 4, No. 2. (24 January 2012), pp. 90-98, doi:10.1038/nchem.1243
動作環境
| 機種・OS | Linux 64 bit Mac Intel CPU、OS X 10.10 以上 |
|---|---|
| 必要メモリ | 4 GB |
| 価格 | お問い合わせください。 カタログ 小 カタログ 大 |
| お問い合わせ先 | 株式会社情報数理バイオ 営業部 〒170-0013 東京都豊島区東池袋4-21-1 アウルタワー6F TEL: 03-6907-0315 FAX: 03-6907-0316 e-mail: info@imsbio.co.jp |
実装手法の概要
活性化合物の ２次元のデータセット (SDF / SMILES) だけで評価可能
- 本手法は、既知薬剤と評価対象化合物の物理化学的パラメータの類似性に基づいてスコアが決定されます。従って、活性化合物と不活性化合物の両方のデータセットが訓練に必要な機械学習法とは異なり、不活性化合物のデータセットの入手が困難な場合でも、適用可能です。また、化合物の 3次元座標の情報は使用しないため、2次元情報のみの SDF あるいは SMILES が列挙されたテキストファイルからも、モデル構築および評価が可能です。
QEX Suite を構成するツールの概要
- QEX Suiteは、5 種類のCUIプログラムから構成されています。始めに (1) のツールで用途に合ったモデルを構築し、次にこのモデルを用いて (3)、(4) のツールで化合物のスコア評価、スコアに基づく化合物のフィルタリングを行うのが標準的な手順です。(5)はコマンドライン引数にSMILES文字列を指定することで、簡易的に単一化合物を評価する際に用います。
